Vào tháng 06 năm 2006, Honda giới thiệu mẫu xe Vario đầu tiên tại thị trường Indonesia, hay có tên gọi khác là Click ở thị trường Thái Lan và Việt Nam, để cạnh tranh với mẫu xe Mio đến từ đối thủ Yamaha. Vario thế hệ đầu tiên sở hữu động cơ 108cc kết hợp cùng bộ chế hòa khí (bình xăng con) và giải nhiệt bằng chất lỏng.

Thiết kế của Vario/Click thế hệ đầu khá nhỏ gọn nhưng không kém phần thể thao với đèn pha đôi kích thước lớn, riêng phiên bản Click 110 ở thị trường Việt Nam sử dụng đèn pha đơn. Honda Vario/Click vào thời gian đó nổi bật với công nghệ thắng kết hợp trước và sau CBS.

Đến năm 2009, một phiên bản Vario cao cấp hơn được giới thiệu và kinh doanh song song với Vario 110 gọi là phiên bản Vario Techno.

Ở một số thị trường như Thái Lan, phiên bản này được trang bị hệ thống phun xăng điện tử PGM-Fi và được gọi là Click 110i.

Thế hệ tiếp theo của Vario được ra mắt vào năm 2012 với tên gọi Vario 125 sử dụng động cơ 124,8cc giải nhiệt bằng chất lỏng. Trong khi đó ở thị trường Thái Lan, Honda giới thiệu Click 125i đầu tiên với thế hệ động cơ phun xăng điện tử eSP. Nâng cấp nhẹ vào năm 2013 giúp Vario 125 có thêm tính năng dừng động cơ tạm thời Idling Stop.

Năm 2014, tại thị trường Indonesia, một phiên bản mới của Vario 110 được ra đời với tên gọi Vario Fi. Phiên bản Vario Fi này sở hữu động cơ 108cc phun xăng điện tử được thừa hưởng từ mẫu xe nhỏ hơn là Honda BeAT cho nên vẫn sử dụng công nghệ làm mát bằng gió.

Đầu năm 2015, Honda Vario thế hệ tiếp theo được giới thiệu tại Indonesia với hai tùy chọn động cơ 124,8cc và 149,3cc, cả hai đều sử dụng công nghệ eSP giúp cải thiện mức tiêu hao nhiên liệu trong khi công suất được tăng thêm.

Honda Vario 125/150 bước qua thế hệ thứ 4 vào năm 2018 với thay đổi lớn về ngoại hình trong khi công nghệ động cơ vẫn giữ nguyên. Chiếc xe lúc này đã có một vẻ ngoài hiện đại, trẻ trung hơn và thiết kế này được giữ đến ngày nay.

Honda Vario 125 phiên bản 2023 được giới thiệu tại Malaysia vào đầu năm nay với cách phối hợp tem và màu sắc mới, bắt mắt và thể thao hơn.
